Wielki książę litewski Zygmunt Kiejstutowicz (ok. 1360-1440) w 1434 roku nadał Czartajew, zwany wówczas „Czartajewice” (później: Czartajewo/Czartaiewo) Mikołajowi Nasucie zwanemu Silberk z Międzyrzecza (1430). W 1473 roku właścicielem wsi był Piotr (Pietraszko) Paszkowic Strumiłło (zm. po 1486), starosta drohicki (1463-1474), marszałek hospodarski (1483-1486). W latach 1576-1580 jako właściciel dóbr występował Mikołaj Kiszka (zm. 1587), podczaszy litewski (1556), wojewoda podlaski (1569-1587). Przez kolejne wieki miejscowość ta należała do: Chądzyńskich (od 1622), Ossolińskich (od 1640), Jabłonowskich (1750), Ciecierskich (od 1806) oraz Wołków (od 1901). W 1939 roku dobra czartajewskie zostały upaństwowione przez władze sowieckie.
Kaplica pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Czartajewie została zbudowana w 1987 roku, staraniem ks. prał. Józefa Horodeńskiego (1910-2002), proboszcza siemiatyckiego (1968-1986) i ks. Bogusława Kiszko ówczesnego wikariusza (1977-1988). Poświęcił ją 14 września 1991 roku ks. bp Władysław Jędruszuk (1918-1994), administrator apostolski diecezji pińskiej (1967-1991). W 1995 roku przy kaplicy zamieszkali Bracia Apostolatu Miłosierdzia Bożego (faustyni). Dnia 21 czerwca 1995 roku otrzymali od ordynariusza drohiczyńskiego zgodę na założenie domu zakonnego. Po pięciu latach pobytu odeszli z Czartajewa. W dniu 29 czerwca 2002 roku ks. Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński, erygował samodzielną parafię. Jej pierwszym proboszczem został ks. Roman Kowerdziej.
13 kwietnia 2003 roku ks. bp Antoni P. Dydycz pobłogosławił trzy nowe dzwony do kościoła parafialnego noszące imiona: Józef (50 kg), Antoni (150 kg) i Maryja (250 kg). On też 6 lutego 2006 roku zezwolił na uroczyste wystawienie Najświętszego Sakramentu w ciągu trzech dni zwane Nabożeństwem Czterdziestogodzinnym, które będzie poprzedzać święto NMP Nieustającej Pomocy. W latach 2005-2006 staraniem ks. Romana Kowerdzieja, proboszcza w latach 2002-2010, kościół został rozbudowany o boczną nawę i nowy fronton z wieżą.
Plebania znajduje się w budynku kościoła.
Kaplica:
Wyromiejki (wcześniej Wieromiejki) - Początkowo na skraju wsi istniała mała murowana kapliczka pw. Matki Bożej Częstochowskiej zbudowana tuż przed II wojną światową. Na wniosek ks. prał. Józefa Horodeńskiego w dniu 1 marca 1981 roku władze wojewódzkie wydały zgodę na rozbudowę tejże kapliczki. Na jej miejscu została wzniesiona obecna kaplica pw. Matki Bożej Częstochowskiej zbudowana w latach 1984-1987, staraniem wspomnianego ks. Józefa Horodeńskiego. Jej poświęcenia dokonał 21 kwietnia 1987 roku ks. biskup Władysław Jędruszuk. Ks. bp Antoni P. Dydycz 1 lutego 2003 roku zezwolił na stałe przechowywanie Najświętszego Sakramentu w kaplicy, a 26 sierpnia 2003 roku ks. prał dr Zbigniew Rostkowski - kanclerz Kurii Diecezjalnej, pobłogosławił nowy dzwon do kaplicy o imieniu „Jan Paweł II” (100 kg). Staraniem ks. proboszcza Romana Kowerdzieja w 2004 roku został wstawiony witraż, według projektu Krzysztofa Króla z Gdyni.
Oprac. ks. dr Zbigniew Rostkowski
